Indıana Jones’a babası olan Dr.Henry Jones bir günlük gönderir. BU gizemli günlüğün içerisinde ise çok özel ve gizemli bir Kutsal Kâseye ait önemli bilgiler ve harita yer almaktadır. Babasının kaybolduğunu özel bir koleksiyoncudan öğrenen İndiana Jones, Müze müdürünü olan Marcus Brody’i ile birlikte İtalya’ya babasını bulmak için gider. İtalya’da gittikleri bölge ise oldukça ürpertici bir yer olan ve geçmişte Nazilere ait olan bir bölgedir. Nazilerinde çok gizemli ve değerli olan Kutsal Kâseyi aradığını bilmektedir. Indiana Jones’in asıl amacı ise nazilerden önce davranarak kutsal kâseyi bulmak. Oldukça aksiyon dolu bu filmde İndiana Jones, hem babası Dr. Henry Jones’i kurtarması gerek hem de Nazilerden önce kutsal kâseyi bulması gerekmektedir.
